専攻は日本近代史。さまざまな史料を読みながら、いろいろなことを考えてきました。そのうちで文章にまとまったものとしては、どこかで宗教なるものと関わりのある内容のもの、とりわけ宗教と国家との関係についてのものが多くを占めます。ただ、それ以外のものにもいろいろと首を突っ込んでいて、しかも興味の対象は、知識人史や生活史、さらには史学史や史料論へと、拡散傾向にあります。そうした時勢からやや離れた「ゆるい」研究が今後どんな風にまとまっていくのか、あるいはいかないのか、自らが実験台となるつもりで、勉強を続けていこうと考えています。

単行本（単著）
■ 『明治国家と宗教』、1999年6月、東京大学出版会
■ 『明治神宮の出現』、2005年1月、吉川弘文館
■ 『島地黙雷－「政教分離」をもたらした僧侶』、2013年1月、山川出版社

単行本（共著、分担執筆など）
□ 『19世紀日本の歴史－明治維新を考える』（三谷博・山口輝臣、2000年3月、放送大学教育振興会）
□ 『植民地帝国日本の法的構造』（浅野豊美・松田利彦編、2004年3月、信山社、1-463頁）
□ 『日本史講座8 近代の成立』（歴史学研究会・日本史学研究会編、2005年1月、東京大学出版会、1-336頁）
□ 『日本立憲政治の形成と変質』（鳥海靖・三谷博・西川誠・矢野信幸編、2005年2月、吉川弘文館）
□ 『境界のアイデンティティ』（九州史学研究会編、2008年12月、岩田書院）
□ 『近代日本の仏教者－アジア体験と思想の変容』（小川原正道編、2010年4月、慶應義塾大学出版会）
□ 『ユーラシア諸宗教の関係史論－他者の受容、他者の排除』（深沢克己編、2010年11月、勉誠出版）
□ 『天皇の歴史09天皇と宗教』（小倉慈司・山口輝臣、2011年9月、講談社）
□ 『日記に読む近代日本3 大正』（山口輝臣編、2012年3月、吉川弘文館）
□ 『日本の外交3 外交思想』（酒井哲哉編、2013年4月、岩波書店）
□ 『寺内正毅と帝国日本　桜圃寺内文庫が語る新たな歴史像』（伊藤幸司・永島広紀・日比野利信編、2015年7月、勉誠出版）

学術論文
●「明治憲法下の神祇官設置問題－政教関係に関する一考察」、1993年2月、『史学雑誌』102－2
●「明治神宮の成立をめぐって」、1993年11月、『日本歴史』546、80-96頁
●「「欧化」のなかの国家と宗教－明治17年」、1995年11月、『史学雑誌』104－11
●「宗教の語り方」、1996年11月、近代日本研究会編『年報・近代日本研究18 比較の中の近代日本思想』山川出版社
●「何卒御鎮座地に御選定相成度･･･明治神宮の候補地に映る東京」、2002年3月、『史淵』139
●「愛息の徴兵に立ち向かう福沢諭吉」、2004年3月、『史淵』141
● El Estado y el sintoísmo durante la era Meiji、Juan Luis Perelló訳、2005年7月、ISTOR、21
●「大正時代の「新しい歴史学」－日本文化史という企て、和辻哲郎と竹岡勝也を中心に」、2005年12月、『季刊日本思想史』67
●「竹岡勝也の肖像」、2006年3月～2008年3月、『史淵』143～145、1-25頁
●「天皇と日蓮－大正一一年の立正大師号宣下をめぐって」、2012年7月、『日本歴史』770
●「哲学者による維新－戦後史学史のなかの上山春平」、2015年3月、『史淵』152、1-29頁

その他
・『木戸孝允関係文書1～4』（木戸孝允関係文書研究会編、2005年10月～2009年5月、東京大学出版会）
・『福岡市史資料編・近現代1 維新見聞記』（日比野利信・山口輝臣編、2012年3月、福岡市）

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